Śladów jego dość częstej kiedyś obecności w Bochni jest sporo. Wciąż stoi przy Bernardyńskiej 10 dawny dom Serafińskich, w którym gościł niejednokrotnie.

Stąd właśnie bierze się początek inna ulica, nazwana dziś jego imieniem. Przyjaźnił się ze szwagrem Leonardem Serafińskim, którego znakomicie sportretował, a później  zrobił projekt jego nagrobka na cmentarzu przy ul. Orackiej.Na rynku stoi pomnik króla Kazimierza Wielkiego wyrzeźbiony przez Walerego Gadomskiego, którego w znacznej mierze inspirował i wziął udział w uroczystości odsłonięcia 29 maja 1871 r. W bazylice św. Mikołaja podziwiać można wystrój kaplicy św. Kingi przez niego zaprojektowany a zrealizowany przez komitet obywatelski, na czele którego stał syn Leonarda-Antoni Serafiński, ówczesny burmistrz Bochni. W zbiorach Muzeum Narodowego w Krakowie znajdują się szkic koncepcji pomnika oraz utrwalone przez Matejkę na rysunku dwa bodaj najbardziej rozpoznawalne elementy bocheńskiego krajobrazu – ściana szczytowa bazyliki i stojąca przy niej dzwonnica. Tamten czas, tamte miejsca, tamtych ludzi, którymi w Bochni zetknął się Matejko opisała córka Leonarda Serafińskiego – Stanisława. Jej pamiętniki tworzą niezwykły, wręcz niezastąpiony dla historyków miasta  zapis czasu, gdy na ulicach Bochni można było czasem spotkać sławnego malarza-czytamy w tekście zaproszenia. Wystawa „Jan Matejko i Bochnia” została zorganizowana przez Muzeum Pamiątek po Janie Matejce „Koryznówka” w Nowym Wiśniczu i Muzeum im. St. Fischera w Bochni. Będzie można ją oglądać do 1 marca 2009 roku.