Na wzgórzu obok zamku mieści się klasztor Karmelitów Bosych (1621–1635), wymieniany w podręcznikach z zakresu historii sztuki polskiej jako wybitne dzieło wczesnego baroku. Wraz z imponującą świątynią pod wezwaniem Chrystusa Zbawiciela i fortyfikacjami bastionowymi był najwspanialszą fundacją Stanisława Lubomirskiego, wojewody krakowskiego. Wyróżnił się on w pierwszej połowie XVII w. wzniesieniem imponujących obiektów sakralnych i nowoczesnych twierdz we wschodniej Małopolsce Budowa kościoła karmelitów stanowiła wypełnienie ślubu złożonego przez magnata w oblężonym przez Turków obozie pod Chocimiem, we wrześniu 1621 roku.
Klasztor usytuowany na najwyższym wzniesieniu w Wiśniczu, wyraźnie dominował nad całą okolicą. Otoczony potężnymi fortyfikacjami bastionowymi chronił zamek i miasto od strony południowej, będąc zgodnie z zaleceniami zakonu izolowany od miasta.
Prace budowlano-architektoniczne prowadził aż do swej śmierci 30 grudnia 1637 roku nadworny architekt Lubomirskiego, Włoch Maciej Trapola. W 1630 roku 22 czerwca generał zakonu zezwolił przenieść nowicjat do Wiśnicza. 2 lipca 1642 roku, w Wiśniczu utworzono Kolegium Teologiczne, istniejące do kasaty klasztoru przez Austriaków. Od 1629 kościół i klasztor budowali jeńcy tatarscy wzięci do niewoli przez Lubomirskiego. Kościół konsekrowano 1 lipca 1635 roku.
Fundator bogato wyposażył kościół w srebra, szaty liturgiczne i złote naczynia z kamieniami szlachetnymi. Uposażył fundację w dobra ziemskie i dekrety o nienaruszalności dóbr stałych i ruchomych z dnia 10 maja 1647 roku.
1 września 1655 roku Szwedzi zajęli zamek i klasztor, by w rok później przy opuszczaniu Wiśnicza podpalić kościół.
W 1783 r. nastąpiła kasata klasztoru przez cesarza Józefa II. Dzieła sztuki wywieziono do Wiednia, a bibliotekę do Lwowa. W klasztorze usytuowano sąd i więzienie kryminalne. Świątynia pełniła funkcję kaplicy więziennej do 1939 roku.
W roku 1940 kościół klasztorny został rozebrany przez hitlerowców na polecenie Hansa Franka. Materiał budowlany pozyskany z rozbiórki został wykorzystany do budowy jego rezydencji.
Obecnie w zabudowaniach klasztornych ponownie funkcjonuje wiezienie o zaostrzonym rygorze.